Как в Ubuntu убрать стандартные папки из домашнего каталога

За стандартные папки типа "Загрузки", "Документы" отвечает пакет xdg-user-dirs. Для его настройки необходимо отредактировать файл ~/.config/user-dirs.dirs.

XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/Desktop"
XDG_DOWNLOAD_DIR="$HOME/"
XDG_TEMPLATES_DIR="$HOME/"
XDG_PUBLICSHARE_DIR="$HOME/"
XDG_DOCUMENTS_DIR="$HOME/"
XDG_MUSIC_DIR="$HOME/"
XDG_PICTURES_DIR="$HOME/"
XDG_VIDEOS_DIR="$HOME/"

Для того, чтобы папка не создавалась при загрузке, нужно чтобы соответствующая переменная указывала на $HOME. "Desktop" вместо "Рабочий стол" удобнее в консоли. После изменения файла можно удалять папки, больши они появиться не должны.